
Дитина середнього класу, Гончаренко восени 1840 року вступив до бурси (інтернату для хлопчиків), а пізніше до Київської духовної семінарії. На початку свого життя він мав змогу на власні очі бачити страждання простих українських селян. «Під час відпусток я мав змогу бачити, як польська аристократія ставилася до наших православних і як їхні слуги б'ють дівчат батогами», – писав Гончаренко у своїх «Спогадах» (опублікованих у 1894 році Михайлом Павликом у Коломиї, Західна Україна (Галичина)).
Молодий Андрій намагався уникнути цієї неприємної сцени в селі. У 1853 році він закінчив Київську духовну семінарію і, одягнувши чернечий одяг, переїхав до Печерської лаври в Києві, щоб стати послушником. Саме тут він прийняв чернече ім'я «Ахапій». Ахапій був вражений, побачивши мирськість ченців. Їхнє життя різко контрастувало з бідністю та стражданнями сільських людей, з якими юний послушник стикався, виконуючи свої обов'язки помічника митрополита Київського Філарета.
12 липня 1857 року Гончаренко мав насичену подіями зустріч у Києві з князем Сергієм Трубецьким, політичним вигнанцем, який повернувся з країни після невдалого повстання декабристів 1825 року. Ця група повстанців, яка мала значну кількість послідовників серед офіцерського корпусу, мала на меті ліквідувати два стовпи Російської імперії — самодержавство та кріпацтво. Таємні товариства були створені як у Росії, так і в Україні в 1818 році. Ці змовники так і не розібралися з політичною проблемою, яку ставила Україна, але багато їхніх письменників висловлювали співчуття до героїчних традицій України, особливо до саги про козаків. Декабристський рух став каталізатором розвитку української політичної та культурної свідомості 19 століття. Його зустріч із Трубецьким надихнула Гончаренка продовжити справу декабристів.
Восени 1857 року Гончаренко опинився в Афінах, Греція. Священний Синод (керівний орган царської Російської православної церкви) рекомендував призначити архідиякона (ієродиякона) до Російської консульської церкви в Афінах. Митрополит Київський Філарет обрав на цю посаду свого молодого помічника. Ахапій швидко занурився в грецьку культуру та почав вивчати мову філософів. Перебуваючи в Афінах, він зв'язався з Олександром Герценом та Миколою Огарьовим — двома відомими російськими політичними емігрантами, які публікували антицарські матеріали в Лондоні. Живо згадуючи страждання та жорстоке поводження з селянами поблизу Києва, аморальність та пияцтво в монастирі, Гончаренко почав писати статті для цих лондонських видань, для «Колокола» (Дзвін).
Ополудні 2 лютого 1860 року київського архідиякона запросили приєднатися до Олександра Петровича Озерова, російського посла в Афінах, на вечерю на борту корабля «Русалка». Після посадки на це судно Гончаренку вручили папірець, у якому повідомлялося, що він заарештований і буде депортований до Росії. «Русалка» перевезла київського ченця до Константинополя, де його кинули до в'язниці разом зі «злодіями та п'яницями російського походження». За дванадцять днів, які знадобилися російському військовому кораблю, щоб дістатися до цього міста, друзі Гончаренка в Афінах зв'язалися зі своїми контактами в османській столиці.
16 лютого молодому ченцю допомогли втекти з в'язниці, і він негайно вирушив до Лондона, куди прибув 4 березня. Він пробув там близько вісімнадцяти місяців. Перебуваючи там, він зустрівся з Герценом, Огарьовим та італійським політичним емігрантом Джузеппе Мацціні. Гончаренко працював у Британському музеї класифікатором та нумізматом. Він продовжував писати для Герцена та працював друкарем у крамниці Людвіга Чернецького. Агапій добре заробляв за свою роботу. Йому вдалося фінансово допомогти численним російським біженцям, які стікалися до Лондона в роки політичної невизначеності за царя Олександра II.
Агапій продовжував писати статті для видання «Колокол». На початку 1861 року він почав використовувати псевдонім «Гончаренко», а згодом обрав псевдонім як прізвище. Наприкінці 1861 року київський чернець повернувся до Греції через Туреччину. У січні 1862 року він відвідав свого дядька, Дмитра Богуна, на Афоні. Пізніше того ж місяця, після подання прохання про висвячення там, його було висвячено на священика. З Греції отець Гончаренко вирушив до Єрусалиму. Коли російський консул у Святому Місті дізнався про його присутність, Агапію погрожували арештом та депортацією. Молодий священик мав рекомендаційний лист, наданий йому князем Іваном Гагаріним, російським римо-католиком. Це забезпечило йому захист Єрусалимського патріарха. За пропозицією Гагаріна український вигнанець деякий час викладав у єзуїтській школі в Ліванських горах. Зрештою він переїхав до Александрії, Єгипет, де знайшов притулок у англійця сера Семюеля Бейкера.
Отець Гончаренко відкрив невеликий магазин поблизу залізничного вокзалу Каїра. Саме тут він зазнав першого нападу на своє життя. Його грецький нападник зізнався, що його найняв російський консул, щоб «вмовити» священика покинути Александрію. Еллінські друзі Ахапія закликали його повернутися до Греції та подати заяву на отримання громадянства. Він так і зробив і отримав громадянство 6 червня 1863 року. Наступного року український емігрант подорожував грецькими островами та східними містами як перекладач для двох російських вчених, Ямонського та Перцова, які шукали слов'янські реліквії.
Гончаренко поступово дійшов висновку, що його народ може повною мірою реалізувати свій інтелектуальний та культурний потенціал за кордоном. Розмови з впливовими російськими політичними емігрантами в Лондоні переконали його, що йому слід емігрувати до Сан-Франциско, щоб відкрити російське видавництво. Молодий священик сподівався об'єднати слов'янський народ Тихоокеанського узбережжя Сполучених Штатів у сильну організацію. Він попрощався з Афінами 18 жовтня 1864 року. Корабель «Ярінгтон» перевіз його з Ізміра, Туреччина, до Бостона, штат Массачусетс. У Новий рік 1865 року український православний священик прибув до Америки.
Перша неофіційна служба Грецької православної церкви, яку провів в Америці отець Гончаренко 6 січня 1865 року, викликала інтерес місцевих членів цієї віри. У лютому цей український емігрант був гостем на вечері, яку влаштував єпископ Поттер з Трійці-каплиці в Нью-Йорку. На цьому зібранні він дізнався від присутніх духовенства, що минулого року православних капеланів, які супроводжували російський флот (командувачем якого, до речі, був український адмірал С. Лессовський), запросили відслужити літургію в єпископальних церквах цього міста. Російські священики відмовили, мотивуючи це тим, що православ'я забороняє їм служити в протестантських церквах. Вони сказали: «Ми не будемо мати справ з єретиками». Єпископ Поттер запропонував отцю Ахапію можливість відслужити літургію в церкві Святої Трійці, розташованій на 26-й вулиці в Нью-Йорку. 2 березня 1865 року український священик відслужив першу публічну православну службу в Новому Світі.
Гончаренку було тридцять два роки, коли він вперше привернув увагу двох американських газет, The New York Evening Post та The New York Times. The New York Evening Post (2 березня 1865 року) надрукувала довгий звіт про православну службу, що відбулася в каплиці Святої Трійці, характеризуючи її заголовком «Значна та політична церемонія». Газета «Нью-Йорк Таймс» (3 березня 1865 року) також присвятила кілька колонок огляду цієї Літургії та її значення для російсько-американських відносин. В одному абзаці було наведено цікавий опис українського священика-вигнанця.
«Російсько-грецький священнослужитель, преподобний Агапій Гончаренко, — приємний і гідний на вигляд священнослужитель приблизно п'ятдесяти років. Він росіянин за походженням і випускник церковної академії Санкт-Петербурга. Корабель «Олександр Невський», який близько дванадцяти місяців тому вирушив з цього міста до Афін, приніс звістку до грецької столиці, що в цій країні багато представників Православної Церкви не мають пастора, і він прибув, запропонувавши свої послуги, акредитований митрополитом Афінським та Священним Синодом Королівства Греції».
Можливо, п'ять років постійних подорожей Гончаренка та його густа борода робили його набагато старшим (50), ніж він насправді мав (32). Швидше за все, сам священнослужитель дещо змінив ці друковані деталі свого життя, щоб замаскувати свою присутність у Нью-Йорку від пильних очей царського уряду.
Невдовзі з київським священнослужителем зв'язався російський консул у Нью-Йорку, барон Роберт Остен Сакен, щоб навчити цього чиновника грецької мови. Минуле Гончаренка, що був у втечі, поки що залишалося прихованим. Гострий погляд двоголового орла (символу царської влади) невдовзі простежив невловимі обриси попередньої «злочинної» діяльності отця Агапія. Барона попросили заарештувати українського вигнанця. Консул відмовився ініціювати цю дію.
Гончаренко знову потрапив у заголовки газет 15 квітня 1865 року, проводячи православну службу в церкві Святого Павла в Новому Орлеані, штат Луїзіана. Він провів освячення цієї першої грецької православної церкви в Сполучених Штатах. Імперський уряд вжив рішучих заходів, щоб ізолювати його від грецьких друзів. 13 травня 1865 року грецького консула в Нью-Йорку, Кира Ботассі, відвідав російський посол, барон Едвард де Штекль. Росіяни погодилися виділити кошти на будівництво нової православної церкви в місті з пастором, отцем Ніколасом Б'єррінгом. Грекам було наказано розірвати зв'язки з отцем Агапієм, «ворогом Росії». Гончаренко був змушений шукати нову роботу. Американське біблійне товариство найняло його для перекладу Біблії арабською та церковнослов'янською мовами.
Завдяки знайомству з італійським революціонером Мадзіні, українець потрапив до будинку Джона Сітті у Філадельфії, чий дім був місцем зустрічей іммігрантів-італійських патріотів. 28 вересня 1865 року в Нью-Йорку Гончаренко одружився з Альбіною, дочкою пана Сітті. Альбіна Сітті стала супутницею українського емігранта на все життя і зробила важливий внесок у його видавничу роботу на узбережжі Тихого океану.
Царські шпигуни уважно спостерігали за життям київського вигнанця в Нью-Йорку. Займаючись перекладами Біблії, він ніколи не забував про свій попередній план відкрити видавництво на Західному узбережжі. 1867 рік остаточно переконав його здійснити свою мрію. Переговори про продаж Російської Америки Сполученим Штатам відбувалися взимку та навесні того ж року. 18 жовтня 1867 року російський прапор було востаннє приспущено в Сітці, Аляска. Починаючи з 1808 року, Сітка стала столицею Російської Америки.
Точний характер участі Гончаренка в купівлі Аляски залишається прихованим. Цілком ймовірно, що він зв'язався з державним секретарем Сьюардом десь у 1867 році. Перші американські публікації православного священика (1868) були започатковані на прохання Сьюарда. За чотирнадцять днів до відправлення росіян з Аляски отець Агапій та його дружина-вчителька сіли на пароплав «Америка» в Нью-Йорку та відпливли до Панамського перешийка. Він та Альбіна накопичили значну суму грошей — 2500 доларів. Під час подорожі на захід серед їхніх речей був друкарський верстат з кирилицею вартістю 1600 доларів.
Потяг перевіз їх п'ятдесят сім миль через Центральну Америку, а потім інший корабель 6 листопада доставив їх до Сан-Франциско.
Український вигнанець розглядав можливість заснування свого видавництва на Алясці, але боявся цензури з боку американської військової влади, яка там контролювала. Сан-Франциско, головний порт судноплавства та сполучення з Російською Америкою та з неї, пропонував більш підходяще місце. Будинок за адресою Маркет-стріт, 536, став домівкою для першої російсько-англійської газети, що видавалася у Сполучених Штатах, «The Alaska Herald» («Свобода»). Протягом наступних п'яти років друкарня отця Гончарека також була місцем збору колишніх жителів Аляски, а також біженців з Росії та Сибіру.